Методичною основою водогосподарсько-екологічного районування є збереження єдності водного об’єкта і його водозбору, на території якого вирішуються питання регулювання, використання і охорони водних ресурсів, забезпечення безпечних умов проживання.
Районування дозволяє концентрувати зусилля всіх суб’єктів управління і господарювання на розробку і реалізацію басейнових заходів для поліпшення і відтворення порушеного природно-екологічного стану басейнів річок.
Екологічні вимоги до районування заключаються в об’єктивності оцінки стану водних об’єктів як природних екосистем, яка базується на екосистемному підході по спеціально розробленій методиці і вона відображає особливості абіотичної та біотичної складових водних екосистем.
Водогосподарський ефект районування передбачає оцінку стану басейнів для комплексного і раціонального використання водних ресурсів та природоресурсного потенціалу басейнів річок.